El micelio es la masa de hifas que constituye el cuerpo vegetativo de un hongo. Dependiendo de su crecimiento se clasifican en reproductores (aéreos) o vegetativos. Los micelios reproductores crecen hacia la superficie externa del medio y son los encargados de formar los orgánulos reproductores (endosporios) para la formación de nuevos micelios. Los micelios vegetativos se encargan de la absorción de nutrientes, crecen hacia abajo, para cumplir su función.

Los cuerpos vegetativos de la mayoría de los hongos (y, por tanto, el de los líquenes) están constituidos por filamentos unicelulares denominados hifas. Las hifas crecen tan sólo apicalmente en el ápice. Las hifas pueden crecer con mucha rapidez, hasta más de 1 mm por hora. Por este motivo y por las frecuentes ramificaciones surge en el sustrato una maraña de hifas con una enorme superficie: el micelio.

Como las hifas no están cutinizadas, el micelio es muy sensible a la desecación, pero, por otra parte, están muy capacitadas para absorber osmotróficamente las sustancias disueltas. Este hecho lo aprovechan muchas plantas superiores formando simbiosis con los hongos.

Las hifas de los hongos inferiores no son septadas (no presentan divisiones), organización sifonal.

Las hifas de los hongos superiores presentan septos, divididas en cámaras y células; pero con perforaciones, por lo que también en estos hongos el plasma forma un continuo.